■非整倍体中反式剂量效应的分子调控机制。非整倍体作为肿瘤细胞普遍存在的一种染色体畸变形式，由于基因组内平衡体系的破坏，进而导致基因组内基因表达以及调控的紊乱。利用遗传学手段，结合分子生物学技术，生物信息学手段针对不同非整倍体内部的调控机制进行深入研究。
■剂量补偿现象的分子机制研究。果蝇中的剂量补偿现象是通过雄性中唯一的X染色体过量表达来实现的，MSL复合体在此项调控中起到了重要的作用，深入探究MSL复合体自身的作用机制以及与其相互作用的分子元件成为探究剂量补偿现象的关键问题。利用转基因技术，免疫荧光染色，染色体免疫沉淀，荧光原位杂交技术，转录组学及统计学等方法，在果蝇非整倍体样品中探究反式剂量效应的作用机理及调控机制，尤其是雌体与雄体对反式剂量效应所产生的不同应答反应的深入研究，进而探究MSL2关键蛋白因子的调控机理。
■基因组不稳定性中的表观修饰调控机制。作为真核生物转录RNA中最为广泛存在的m6A甲基化修饰，在基因的转录调控、染色体结构以及性别决定等过程中起到关键作用。为深入探究RNA m6A甲基化在非整体体基因组中的分子作用机制，该课题将针对m6A甲基化相关调控基因在果蝇不同发育时期的表达水平，进行深入分析比对。
■神经退现性疾病模型。利用实验室现有的神经退现型疾病果蝇模型，以及学院果蝇学习记忆平台，结合遗传学，分子生物学，果蝇行为学，学习记忆等方面实验手段，针对反式剂量因子以及特异性化合物对疾病的分子作用机制进行探究，
■Sun L, Johnson AF, Li J, Lambdin AS, Cheng J & Birchler JA Differential effect of aneuploidy on the X chromosome and genes with sex-biased expression in Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110(41):16514-16519.
■Sun L, Johnson AF, Donohue RC, Li J, Cheng J & Birchler JA (2013) Dosage compensation and inverse effects in triple X metafemales of Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110(18):7383-8.
■Sun L, Fernandez HR, Dohohue RC, Li J, Cheng J & Birchler JA (2012) Male specific lethal complex in Drosophila counteracts histone acetylation and does not mediate dosage compensation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110(9):E808-17.
■Birchler JA, Sun L, Fernandez HR, Donohue RC & Xie W (2011) Re-evaluation of the function of the male specific lethal complex in Drosophila. Journal of Genetics and Genomics 38(8): 327-332.
■Birchler JA, Sun L, Donohue RC, Sanyal A, Xie W (2011) Implications of the gene balance hypothesis for dosage compensation. Front. Biol. 6(2): 118–124.
